自2008年9月保健食品卫生监督职能从国家卫生部划入国家食品药品监督管理局（下称“国家食药总局”），国家食药总局就开始规范保健食品生产许可管理工作，于2011年9月20日拟订了《保健食品生产许可管理办法（征求意见稿）》，据征求意见的情况，国家食药总局又组织进行修改完善，并于2011年12月1日再次公开征求意见，但是不知道什么原因具体相关文件最终没有公布实施，造成各地没有统一标准的情况。
2009版《食品安全法》正式实施后，由原卫生部门发放的保健食品卫生许可证随之停发，《保健食品监督管理条例（征求意见稿）》征求意见之后也迟迟未能出台，保健食品生产企业相关生产许可没有具体的法规规定，也制约了各地食药监部门的生产许可和监管工作。因此有的省市参考该意见稿制定了自己省市的保健食品生产监督管理办法，对保健食品实行生产许可证管理制度，有的省市仍然延续原来卫生部对保健食品生产企业颁发卫生许可证的管理制度，而且以上证件的有效期各省也不相同。保健食品委托加工的许可审批也参照了当地自主生产企业的管理办法，证件有效期按照委托加工合同时间，兼顾被委托厂家自有生产证件的时间。
2015年新的《食品安全法》和《食品生产许可管理办法》出台之前，食品伙伴网信息服务中心通过了解北京、上海、广州、江苏、福建、山东等几个大的保健食品生产地区企业的生产许可实施情况，对主要几个省市的保健食品生产证件名称和有效期汇总如下：
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省 市 |
名 称 |
有效期 |
备 注 |
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北京 |
卫生许可证 |
四年 |
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上海 |
卫生许可证 |
三年 |
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广东 |
卫生许可证 |
四年 |
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海南 |
卫生许可证 |
四年 |
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云南 |
卫生许可证 |
四年 |
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湖北 |
卫生许可证 |
四年 |
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山东 |
卫生许可证 |
一年 |
每年换证 |
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